„Пристанище Варна” ЕАД традиционно обработва емблематичните за региона зърнени товари. През 2013 г. беше постигнат абсолютен рекорд за износ на зърно – общо от пристанище Варна изток и пристанище Варна запад. В изнесените над 4 млн. тона товари се включват пшеница, царевица, слънчоглед, рапица, ечемик и производните им шротове, и трици. Независимо, че е сезонен товар, износът на зърно е непрекъсваем целогодишен процес. В рамките на едно денонощие „Пристанище Варна” ЕАД изнесе над 33 хил. тона, обработвайки едновременно 9 кораба във Варна изток и 2 във Варна запад. 

Пристанище Варна Изток 

Пристанище Варна изток е главният пункт за българския износ на зърно. Корабно място №7 е най-често използваното, когато трябва да се приемат голямотонажни кораби (до 50 000 GT). В пикови моменти товарът се обработва и на други подходящи корабни места (между които № 4, 6, 8, 9, 10, 12). Товаренето става основно с грайфери и една зърнотоварна машина, съвместно експлоатирана от пристанището и частната компания ГИФТА. Пристанище Варна-Изток разполага и със съоръжение за разтоварване на жп вагони-зърновози. От вагоните зърното се разтоварва директно в магазия №6. При необходимост за концентриране на износното зърно се използват и закритите складове в Складовата база, намираща се на 5 км. от пристанището.

Пристанище Варна Запад 

Отскоро зърнени товари успешно се обработват и на Варна запад основно на Корабно място №15 и по-малки количества на  Корабно място №14.За концентриране на износния товар се използва ремонтираният склад № 6. Разработена е нова технология като се използва уникален захват, разработен със собствени сили и средства като се използва открит контейнер. При обработката на зърно се прилагат и гумено-лентови транспортьори. Има проект и се работи за по-нататъшно усъвършенстване на технологиите за товарене на зърно.